Come chiarito dall’Agenzia delle Entrate con la FAQ n. 33 del 27.11.2018 non è più obbligatorio avere sezionali iva separati per fatture elettroniche e cartacee.

https://www.agenziaentrate.gov.it/wps/content/Nsilib/Nsi/Schede/Comunicazioni/Fatture+e+corrispettivi/FAQ+fe/Risposte+alle+domande+piu+frequenti+categoria/Registrazione+e+conservazione+delle+fatture/?page=schedecomunicazioni